תפקידיו של דשן חנקן לא באים לידי ביטוי רק בקידום גידול הצמחים שלו, אלא גם בשיפור סביבת הקרקע ובאיזון המערכת האקולוגית החקלאית.
ויסות אספקת חנקן לקרקע: יישום דשן חנקן יכול לווסת את אספקת החנקן בקרקע, ולמנוע את ההשפעות השליליות של חנקן מוגזם או לא מספיק על צמיחת הצמח. בקרקעות חסרות-חנקן, יישום דשן חנקן יכול לחדש במהירות את החנקן בקרקע ולקדם את צמיחת הצמחים; בעוד שבקרקעות -עודפי חנקן, יש לשלוט בכמות הדשן החנקן המיושם כדי למנוע אובדן חנקן וזיהום סביבתי.
קידום פעילות מיקרוביאלית בקרקע: יישום של דשן חנקן יכול לקדם את הרבייה והפעילות של מיקרואורגניזמים בקרקע, לשפר את הפעילות הביולוגית של הקרקע. למיקרואורגניזמים בקרקע תפקיד חשוב בפירוק חומר אורגני, שחרור חומרים מזינים ושיפור מבנה הקרקע. יישום של דשן חנקן יכול לספק מספיק מקורות חנקן למיקרואורגניזמים בקרקע, לקדם את צמיחתם ורבייתם, ובכך לשפר את הפוריות הביולוגית של הקרקע ואת הפונקציות האקולוגיות.
שמירה על האיזון של המערכת האקולוגית החקלאית: ליישום הרציונלי של דשן חנקן יש משמעות רבה לשמירה על האיזון של המערכת האקולוגית החקלאית. יישום מתאים של דשן חנקן יכול לשפר את התפוקה ואת איכות היבול, לענות על הביקוש האנושי למזון ומוצרים חקלאיים. במקביל, יישום דשן חנקן חייב להתחשב גם בהשפעתו הסביבתית, הימנעות מאובדן חנקן וזיהום סביבתי, והגנה על יציבות וקיימות המערכת האקולוגית החקלאית.
